Dopo le sanguinose lotte tra Guelfi e Ghibellini e dopo le contrastate vicende tra i Visconti e Venezia, anche Seriate, come tutto il territorio bergamasco, nel 1428, passò definitivamente sotto il dominio di Venezia alla quale fu sempre fedele. Grazie a questa annessione, confermata prima dalla pace di Ferrara nel 1433 e poi con quella di Lodi nel 1454, Seriate ebbe un periodo di pace che durò per quasi tre secoli.
Il territorio bergamasco venne diviso in quadre; sei di queste abbracciavano le zone della pianura di cui una faceva capo a Seriate per le funzioni amministrative: questa nuova organizzazione metteva un po’ d’ordine ed in seguito avrebbe dato i suoi frutti di tranquillità e del sufficiente a vivere. Al momento però a motivo delle lotte precedenti i prezzi delle derrate alimentari, soprattutto delle carni, erano andati alle stelle.
Il ponte, fondamentale nei collegamenti tra Bergamo – ultimo baluardo veneto fortificato in Lombardia – ed il resto della Repubblica Veneta assume una crescente importanza ed è sempre richiamato nelle relazioni dei capitani veneti a partire da Marin Sanudo nel 1483 e Zanne da Lezze nel 1596.
Nel 1456 moriva a Seriate un’intera famiglia per pestilenza. Le autorità sanitarie decisero l’immediata chiusura di ogni passaggio e commercio da e per Seriate; il divieto durò sei mesi. In data 5 settembre 1459 seriate, in compenso della sua fedeltà a Venezia ebbe il privilegio di essere esonerata per dieci anni da ogni aggravio reale e personale, ossia da ogni prestazione e contributo: tasse, prelievi in natura, dazi.
Nel 1521 un reparto di Lanzichenecchi avviati verso Milano, attraversando Seriate vi fecero ruberie e devastazioni. Altrettanto fecero nel 1529 le soldataglie di Caiazzo che a Seriate, Albano, Scanzo e Villa di Serio misero tutto a soqquadro.
Durante il dominio veneto anche Seriate fu duramente colpita dalla carestia e dalla peste che nel 1629-30 devastò tutta l’Italia settentrionale. Seriate fu uno dei primi paesi contagiati e dei più colpiti: in totale vi furono 592 vittime di peste, più di metà della popolazione di allora. Dal 27 marzo 1630 Seriate, Carvico e Bonate furono dichiarate terre sospese, cioè impedite di ricevere o mandare merci che non fossero prima state controllate dalle guardie annonarie.
Nel giugno del 1630, con il migliorare della situazione gli abitanti di Seriate chiesero ed ottennero di essere liberati dalla quarantena. Il gran pericolo ormai era passato e di peste, fortunatamente, non se ne parlò più. Ma dopo la peste del 1630 Seriate ebbe, come tutti i paesi, un periodo di serenità e anche di insperata prosperità.
A Seriate sono però rimasti i segni di quelle antiche calamità: la chiesa e il cimitero di Paderno, i morti de Paderen e la Chiesa dei morti delle ghiaie. Questa era adibita, con l’annesso cimitero, alla sepoltura dei morti di peste e di colera; vi si seppellivano però anche i condannati giustiziati a Bergamo: veniva perciò anche detta Chiesa dei giustiziati.
Il 13 marzo 1797 il conte Ottolini, ultimo governatore veneto a Bergamo, costretto a lasciare la città fu scortato da ufficiali francesi fino a Seriate da dove iniziò il suo viaggio senza ritorno. La signoria di Venezia era finita anche a Bergamo per sempre.